以上的问题争议的焦点就是在公司内部既有公司的设立协议又有公司的章程，到底两者的关系如何?两者之间的区别又有哪些?公司的设立协议与公司章程规定不一致时应以哪个规定为准?本文拟就以上几个问题对公司设立协议与公司章程在公司内部共同存在时如何适用进行探讨。
一、公司设立协议与公司章程的性质和作用
公司设立协议，是指公民、法人或其他组织，以设立公司为目的而订立的有关未来公司的资本结构(注册资本数额、各出资人出资方式、出资数额、出资时间)、股权结构(分红比例)、公司治理结构(股东会、董事会、经理、监事会等)、公司经营范围以及出资人在设立过程中的权利和义务、公司设立不成时费用分担、违约责任以及争议的解决等内容的协议。它是公司股东之间以设立公司为目的而达成的具体权利义务一致的意思表示，是股东之间的内部契约，本质上属于合伙协议。在公司实务中，它并不是有限责任公司(除采取有限责任公司形态的外商投资企业以外)的必备文件，但按照《公司法》的规定，股份有限公司中必须具有发起人之间订立的设立协议。公司设立协议的目的是确定所设公司的基本性质和结构，协调股东之间在设立公司的过程中的权利与义务的关系。
公司章程，是指由发起设立公司的投资者制定的，就股东的责任方式、责任范围、权利义务分配、分红比例以及公司性质、宗旨、经营范围、组织机构、活动方式等内容进行规范与记载的一项公司成立的必备文件。它是以规范公司结构与行为为重点，也是公司向第三者表明信用和使其了解公司组织和财产状况的重要法律文件。本质上属于公司内部自治规则。在公司实务中，公司章程是所有类型公司成立的必备文件、是公司行为的基本准则、是公司对外的信誉证明。公司章程是公司设立后其活动的基本依据，是调整公司的投资人之间、投资人与公司之间、投资人与经营者之间以及经营者与公司之间的权利与义务关系。
二、公司的设立协议与公司章程之间的关系
首先，两者在制定的主体上有极大的共同性。公司的设立协议与公司章程都是由设立公司的股东或发起人制定的。其次，两者在目标上一致，都是为了设立公司。公司的设立协议是为了设立公司在股东之间订立的权利义务的合同;公司章程是公司设立的必备条件之一。第三，两者在文件内容上也有许多共同之处。如前所述，公司的设立协议和公司章程的内容都包括公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式和数额、组织机构、增资、减资、合并、分立、终止等事项。在公司实务中，大多数的公司章程应规定的主要事项通常也是设立协议需约定的事项，发起人订立协议的目的除了约定设立过程中双方的权利义务、协调各发起人的设立行为外，也是为了对未来公司的性质、框架及内外法律关系作出总体的设计。
三、公司设立协议与公司章程在适用上的区别
首先，如前所述，公司的设立协议对通常的有限责任公司而言，是任意性的文件;而公司章程是每一个公司的必备文件，公司的设立必须具有公司章程，并且公司法还明确规定公司章程中应以书面形式制作，且包含必要的记载事项内容，所以公司章程是要式文件。其次，两者体现的意志不同。公司的设立协议实质上是公司的股东(或发起人股东)为了设立公司而签订的合同，因此主要是根据公司的股东(或发起人股东)的意思表示而订立的，其内容更多的体现了股东(或发起人股东)的意志和要求。公司章程是强制性的要式法律文件，必须依照《公司法》规定制定，否则将导致公司章程的无效，体现的是法律意志。第三，两者约束的对象不同。公司的设立协议是公司股东(或发起人股东)之间订立的合同，合同具有相对性的特点，所以设立协议只对所有签订设立协议的股东(或发起人股东)发生法律效力，而对后来加入的公司股东没有法律效力;而公司章程调整的是整个公司的内部自治规则，所以包括了所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系，还包括后来加入公司的新股东等。最后，设立协议和公司章程的效力期间不同，设立协议是调整公司设立过程中的法律关系和法律行为，设立协议产生在公司成立前，公司的设立阶段，经股东(或发起人股东)达成一致签字盖章即具有法律效力。公司章程是以公司成立为前提的，在公司成立后才能生效，对股东具有约束力。
第一条甲乙双方依据甲方提供的设备，及乙方所提供的技术，成立有关药品制造、贩卖的新股份公司（以下简称新公司），并根据本契约从事营运。
第二条新公司概况如本契约书末尾所附的xx药品要业股份有限公司章程的记载。设立时，甲方占百分之五十一股份、乙方占百分之四十九股份。
前项的股份保有比例，为甲、乙双方之间持续合作的依据。
第三条甲方以后记的工场土地、建筑物、机器设备，折价为xx元整，作为现场出资；乙方以其既有技术（后记所述之专利及有关的一切技术情报--以下称技术），折合为xx元整，作为现物出资。
第四条前条技术的处理须以甲、乙双方与新公司间另订的技术援助契约（本契约所附带的技术援助契约方案）为依据。
第五条新公司的干部由甲方派任董事x名、监事一名；乙方派任董事x名、监事一名。甲方自董事中选派一人为董事长；乙方从中选派一人为副董事长。
第六条新公司的设立由甲、乙双方各委派三名事务人员，计六名，以甲方本店事务所为创立事务所，进行筹组工作。
第七条新公司设立所需经费，甲方负担百分之五十一、乙方负担百分之一四十九。
附：xx药品工业有限公司组织章程。
本契约一式二份，双方当事人各执一份为凭。
甲方：
公司名称：
公司地址：
代表人：
身份证统一号码：
乙方：
公司名称：
公司地址：
代表人：
一、一人公司的概念及特征
根据中国现行公司法的规定，一人公司指的是，仅有一个股东且其持有本公司全部出资的有限责任公司。“一人”，既可以是自然人，也可以法人。一人公司与普通有限责任公司既有联系又有区别。一人公司的特征主要有以下几点：首先，股东具有唯一性。一人公司，无论是由自然人发起还是由法人发起，其公司股份都全部属于一人。公司不论是在成立阶段，还是在运营阶段，都没有其他股东参与。其次，股东责任具有有限性。我国法律规定，一人公司对外负债时，其股东仅以他的出资为限，仅承担有限责任。再次，公司出资具有单一性。一般而言，公司资本由两名或以上的股东共同出资形成。但一人公司中仅有一名股东，故公司资本来源也具有单一性。最后，公司内部结构较为简单。一人公司的董事或监事往往由本公司股东直接担任，很少区分所有权与经营权。
二、我国对设立一人公司的限制
一人公司和普通的有限责任公司不同，有且只有一名股东，这就使公司内部缺乏对股东的制约力量。因此，一人公司的机构设置和传统意义上的公司有所不同，法律对其的规制也有差别。我国1993年公司法对一人公司的态度是原则上禁止其设立，但把国有独资公司作为例外。作为对例外的限制，国有独资公司只能由国家授权投资的部门或机构设立。1999年公司法则延续了这一规定。2005公司法首次明确了“一人有限责任公司”的概念，并对一人公司的设立进行了如下限制：首先，注册资本最低十万元；其次，股东须一次缴清出资；最后，一个自然人仅可设立一个一人公司，且此一人公司不能设立新一人公司。而现行公司法删除了前两条规定。
三、限制一人公司设立的立法成因分析
传统公司法学界认为公司具有由于社团性，将公司解释为一种特殊“合同”，因此，公司必须有两名或以上的当事人(即股东)才能成立。一些学者认为，一人公司内仅有一名股东，缺乏其他股东制约，因此更容易产生滥用公司制度的行为。处于这两方面考虑，我国1993年公司法在原则上禁止设立一人公司。
随着时展，开始有学者将公司解释为单纯的“组织”或“机构”，或将公司解释为一种组织企业的“法律技术”。而实践表明，股东人数并不会影响公司发生恶的概率。基于以上考虑，2005年公司法允许设立一人公司，但又赋予了诸多限制性条件。为了减少股东滥用公司制度、转移侵占财产的可能性，2005年公司法要求股东必须一次缴清出资，规定一个自然人仅能设立一个一人公司，且该公司不能再设立一人公司。